تعمل وحدة تمويل المشاريع والمبادرات الزراعية والسمكية بالأمانة منذ تأسيسها من أجل تحقيق تنمية اقتصادية واجتماعية شاملة قائمة على نمو سريع ومستدام وشمولي للقطاع الزراعي والسمكي في إطار التنمية المتكاملة التي تحقق الاكتفاء الذاتي وتحد من الفقر والبطالة.